Фамилия Козьмян — редкий пример того, как церковное имя, пройдя через несколько языковых фильтров, превратилось в фамилию, звучащую не по-русски. В основе лежит крестильное имя Козьма (церковнославянская форма греческого Κοσμάς — «мир», «мироздание», «порядок»). Но суффикс -ян выдает в ней не великорусское, а южнославянское или, чаще, польское происхождение. В польском языке суффикс -ан (-ian) нередко присоединялся к основам на -м, образуя фамилии вроде Koźmian, и означал принадлежность к роду или потомка: «сын Козьмы». То есть Козьмян — это прямой фонетический аналог русской фамилии Козьмин, но с иной огласовкой.

Написание через «я» (а не через «а») указывает на польскую орфографическую традицию, где мягкость согласного передается буквой i: Koźmian. При переходе в русскую графику «ź» превратилось в «зь», а «ia» — в «я». Это типичный след Речи Посполитой: носители фамилии Козьмян, скорее всего, происходят из шляхетских или мещанских родов западных губерний Российской империи — с территорий современной Беларуси, Украины или исторической Польши. В польской ономастике фамилия Koźmian известна с XVIII века и зафиксирована, в частности, за Каетаном Козьмяном (1771–1856), поэтом и политическим деятелем.

В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ев, которые указывали на отца (чей сын?), модель с суффиксом -ян в польской среде часто выполняла ту же роль, но была более экономной: она опускала патронимический суффикс -ов/-ин. Поэтому Козьмян — это не «козьмовский» и не «козьминский», а именно «козьмов сын» в чистом виде. Встречается и вариант Козьман — с твердым окончанием, но написание через «я» точнее передает историческое произношение.

Если искать однокоренные фамилии, то ближайшие родственники — Козьмин (русский вариант), Козьмов (редкий, от народной формы Козьма), а также польские Козьминский и Козьмовский. Фамилия Козьмян стоит особняком: она сохранила архаичную патронимическую форму, которую в XIX веке в Польше и западнорусских землях постепенно вытесняли фамилии на -ский. Так что носитель этой фамилии, скорее всего, потомок человека, которого в документах записывали просто по отцу — «Козьмин сын», но на польский лад.