Фамилия Крачьковская — это женская форма фамилии Крачьковский, и её появление связано с историей польского и западнорусского дворянства. Сама фамилия образована по типичной для шляхты модели: к названию места (ойкониму) добавлялся суффикс -ский/-цкий, указывающий на принадлежность к этому месту. Исходное название, скорее всего, звучало как Крачково или Крачков. Такие топонимы встречаются в Польше и на территории современной Западной Украины и Беларуси — например, село Крачково в бывшем Люблинском воеводстве или Крачковцы на Подолье.

Корень фамилии — «крач-» — неоднозначен. Самая вероятная версия: от польского слова «kracz» — «ворон» или от глагола «kraczyć» — «каркать». В этом случае прозвище Крач мог получить человек с хриплым голосом или тот, кто напоминал ворона внешне или поведением. Менее вероятна, но возможна связь с литовским «kračius» — «корчмарь» (через диалектное «крач»), что указывало бы на род занятий предка. Вторая версия слабее, потому что для польской ономастики характернее связь с птицей, а не с корчмой.

В историческом контексте фамилия Крачьковская (и её мужской вариант) встречается в метрических книгах и ревизских сказках XIX века преимущественно среди мелкой шляхты Волынской, Киевской и Подольской губерний. Это были люди, владевшие небольшими хуторами или служившие в польских усадьбах. После разделов Речи Посполитой многие такие семьи перешли в мещанское или однодворческое сословие, но сохранили «шляхетскую» фамилию с суффиксом -ский, который для крестьян был нехарактерен.

Ударение в фамилии — на второй слог: Крачько́вская. В дореволюционных документах встречается вариант написания через «о» — Крачковская, что связано с неустойчивостью безударных гласных в польских заимствованиях. Сейчас закрепилась форма с «ь» после «ч», которая подчёркивает мягкость произношения, свойственную юго-западным говорам.