Фамилия Кракодеева — редкий случай, когда основа не затемнена веками, а бросается в глаза и сбивает с толку. Первая мысль: при чём тут крокодил? Но в русских фамилиях экзотические животные почти не встречаются, и здесь работает другой механизм.

Разбираем словообразовательную модель. Суффикс -ев указывает на притяжательное значение: «чей?» — Кракодеев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Кракодей. Основа «Кракодей» — вот где ключ. Вероятнее всего, это искажённое, народное произношение греческого имени Крокодий. В святцах есть мученик Крокодий, но имя было редким и неудобным для русского уха. В живой речи его могли переделать в «Кракодей» — так же, как греческое «Евдокия» превращалось в «Авдотью». Суффикс -ей в основе типичен для имён (как Тимофей, Андрей), поэтому «Кракодей» могло звучать как полное, хоть и неканоническое, имя.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище. В говорах слово «кракодить» или «крокодить» могло означать «кричать, реветь» (сравните с «крякать»). Прозвище Кракодей дали бы крикливому ребёнку или человеку с громким голосом. Однако эта гипотеза слабее, так как глагол не зафиксирован в словарях диалектов с достаточной уверенностью.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям и Украине, где греческие имена через церковную традицию чаще попадали в быт. Встречаются варианты написания с «о» — Крокодеев, что подтверждает связь с исходным «Крокодий». Носителей мало, фамилия не попала в массовые переписи, что говорит о локальном происхождении, возможно, от одного рода в конкретном селе.

Таким образом, Кракодеева — это не про рептилий, а про редкое крестильное имя, переработанное живым языком. Предки могли быть крестьянами или священнослужителями, получившими фамилию по имени-основе отца.