Фамилия Кракосян — армянского происхождения, что хорошо заметно по суффиксу -ян, одному из самых распространённых фамильных показателей в Армении. Этот суффикс восходит к древнему -янц, означавшему принадлежность к роду, и по смыслу близок русским окончаниям -ов или -ин: Кракосян — буквально «из рода Крако». Основа фамилии — личное имя или прозвище Крако, которое в свою очередь является краткой формой от имени Кракос (армянский вариант имени Геракл, Гераклес). Таким образом, исходное имя Кракос, популярное в армянской среде благодаря христианским святым, через обиходную форму Крако превратилось в фамильный корень.

В отличие от многих армянских фамилий, образованных от названий профессий (Варданян — от «вардапет», учитель) или географических названий (Арзуманян — из города Арзн), Кракосян указывает именно на личное имя предка. Это типичная модель для фамилий, возникших в среде ремесленников и крестьян, где человека называли по отцу или деду: «чей ты?» — «Кракосян», то есть внук или сын Крако.

Встречаются варианты написания Кракосянц и Кракосян, причём форма на -янц считается более старой, архаичной, характерной для восточных диалектов армянского языка. Сейчас в России и странах бывшего СССР распространён именно вариант на -ян, который закрепился в документах в советский период, когда проводилась массовая унификация фамилий.

С точки зрения географии, фамилия Кракосян не привязана к какому-то одному региону Армении — она встречается и в западных, и в восточных областях исторической Армении, что лишний раз подтверждает: основой послужило широко известное христианское имя, а не узкое локальное прозвище.