Фамилия Кратохвилова — одна из тех, что сразу выдают чешское или словацкое происхождение. Она образована от мужской формы Кратохвил, а та, в свою очередь, от прозвища, составленного из двух частей: «krátký» (короткий) и «chvíle» (мгновение, время). Буквально Кратохвил — «короткое время» или «недолгий миг». В русском языке это прозвище осмыслили бы как «Скороминухин» или «Краткосрочный».

Словообразовательная модель типична для западнославянских фамилий на -ил: такие прозвища часто давали человеку с переменчивым характером, вспыльчивому или, наоборот, тому, кто быстро делал дело, не любил тянуть. В чешской ономастике фамилия Кратохвил зафиксирована с XIV века, и её носители не были знатью — это прозвище из крестьянской или ремесленной среды, где меткое слово становилось родовым именем.

В русском контексте фамилия Кратохвилова — явный признак миграции. В XIX — начале XX века из Австро-Венгрии в Российскую империю переселялись чехи-колонисты, специалисты (пивовары, агрономы, учителя) и просто крестьяне в поисках земли. Фамилия могла попасть в русские документы через брак или оседание в южных губерниях, на Волыни, в Крыму или на Кубани. Женское окончание -а здесь не родовое (как в русских фамилиях на -ина), а грамматическое: в чешском и словацком языках фамилии жён и дочерей образуются через суффикс -ová, отсюда Кратохвилова.

Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Крато́хвилова. В чешском языке ударение всегда на первом слоге — Кра́тохвилова, но в русской речи оно часто смещается. Споров о происхождении почти нет: корень прозрачен, а альтернативные версии (связь с «кротостью» или «хвилей» как «волной») лингвистически слабы и не подтверждаются словарями. Фамилия редкая, в России встречается локально, в основном у потомков тех чешских переселенцев, кто сохранил фамилию в исходном виде.