Фамилия Крайденкова — женская форма, мужская — Крайденков. Её основа восходит к прозвищу или неканоническому имени Крайдень, которое в русских говорах звучало как крайдень — «крайний день»? Вряд ли. Скорее, перед нами вариант имени Кридень, которое фиксировал ещё С. Б. Веселовский в «Ономастиконе». Кридень — от крида, «ссора, распря», или от крид (кривда) — «ложь, неправда». В таком случае Крайдень — диалектное переоформление того же корня с меной и/ы на ай (диалектная черта, известная в южнорусских и среднерусских говорах). Прозвище Крайдень мог получить человек сварливый, неуживчивый или, наоборот, тот, кого считали «кривдником», обманщиком.

Суффикс -ов- в фамилии указывает на типичную патронимическую модель: Крайденков — сын Крайдена. Такие фамилии массово складывались в XVI–XVII веках в среде служилых людей, крестьян и посадских. В переписных книгах XVII века по южным уездам (например, Елецкому, Ливенскому) встречаются Крайденковы, что подтверждает южнорусское происхождение фамилии. Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Крайденко, Крайденов, Криденков — все они восходят к одному прозвищному гнезду с корнем крид-/крайд-.

В современной России фамилия Крайденков редкая, сосредоточена в основном в Белгородской, Воронежской и Курской областях, что согласуется с исторической географией. Встречается также в среде украинских переселенцев, где могла преобразоваться в Крайденко. Никакого отношения к слову «край» или «крайний» фамилия не имеет — это ложная этимология, которую иногда предлагают без опоры на исторические записи.