Фамилия Крекнин — один из тех случаев, когда прозвище предка закрепилось в роду через характерный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Крекнин, то есть сын или потомок Крекны. Основа фамилии — прозвище Крекна. Разбираться с его значением стоит через словарь Владимира Даля, где слово «крек» даётся как вариант «крехт» — хриплый крик, надсадный звук. Человек с хриплым, сиплым голосом легко мог получить такое прозвище в деревенской среде, где меткие клички давались по самой заметной черте.

Но есть и другая версия, менее очевидная. В болгарском языке глагол «крекна» означает «болтаю», «говорю без умолку». Если предки Крекниных имели южнославянские корни или контактировали с болгарской средой, прозвище могло закрепиться за словоохотливым, разговорчивым человеком. Оба объяснения не противоречат друг другу: фамилия могла возникнуть в разных регионах независимо, с разными оттенками смысла.

Фамилия редкая, и её география сегодня ограничена в основном центральной Россией. Суффикс -ин — типичный для северных и центральных областей, что косвенно подтверждает бытование фамилии именно в этих краях. Прямых указаний на дворянское или крестьянское происхождение Крекниных в открытых источниках нет, но сама модель образования (от прозвища, а не от крестильного имени) чаще встречается у крестьян и посадских людей, а не у знати. Окончательно восстановить родословную можно только через архивные переписи и метрические книги.