Фамилия Крештопова — женская форма от Крештопов, и её редкость уже подсказывает, что перед нами не массовая модель, а локальное или даже единичное образование. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Крештоп. Здесь работает та же словообразовательная схема, что и в фамилиях на -ов/-ев: суффикс присоединили к основе, которая оканчивается на твёрдый согласный.

Самое интересное — корень «крешт-». Он явно восходит к глаголу «крестить» или существительному «крест», но с характерным чередованием: в древнерусском и диалектах форма «крешт» (с «шт» вместо «ст») встречалась как вариант произношения. Например, в южнорусских говорах могли сказать «крештить» вместо «крестить». Таким образом, Крештоп — это, скорее всего, человек, связанный с крещением: либо крестильщик (тот, кто совершал обряд), либо крещёный, либо человек, получивший прозвище по церковному празднику Крещения. Суффикс «-оп» в русских фамилиях нехарактерен; здесь он, вероятно, результат диалектной или искажённой записи. Возможно, исходная форма была Крештов (от Крешт — крещёный), а «-оп» появился из-за того, что в документах записали «Крештопов» вместо «Крештов» под влиянием местного произношения или описки писаря.

Географически фамилия могла закрепиться на юге России или в украинских землях, где «шт» на месте «ст» встречается чаще. В центральных областях её бы почти не поняли. Социально: носители, скорее всего, были крестьянами или церковнослужителями низшего ранга — дьячками, пономарями, так как прозвище прямо отсылает к церковной сфере.

Точных сведений о первых носителях нет, но логика подсказывает: фамилия родилась не в боярской среде, а в гуще народа, где прозвище давали по заметному делу — например, если человек крестил детей в деревне или сам принял крещение во взрослом возрасте.