Фамилия Крихтунова — женская форма от Крихтунов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Крихтун. В основе лежит диалектное слово «крихта» или «крихтун» — так в некоторых русских говорах (прежде всего псковских и новгородских) называли крошку, мелкую частицу, а также хиленького, тщедушного человека. Слово того же корня, что и «кроха», «крошить»: чередование корней кръх- / крих- — обычное для древнерусской фонетики (ср. «кроха» и «крихта» как варианты). Иными словами, Крихтун — это «крошка», то есть либо малорослый и слабый человек, либо, с ласкательным оттенком, маленький ребёнок.

Суффикс -ун в прозвищах указывал на носителя признака: бегун, ворчун, крикун. Крихтун — тот, кто «крихтится», то есть мельчит, крошит, или сам похож на крошку. Фамилии на -ов/-ев типичны для центральной и северной России, и Крихтунов — не исключение. Географически фамилия встречается редко, но всё же прослеживается в Псковской области и на северо-западе — именно там, где слово «крихта» бытовало в живой речи. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с прозвищем Крихтун, но массового распространения фамилия не получила.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с литовским krikti («падать, валиться») или с глаголом «крихтеть» (кряхтеть, охать). Однако для исконно русской фамилии объяснение через «крошку» и «мелкого человека» надёжнее: оно опирается на живые диалектные данные и словообразовательную модель, а не на случайное созвучие с балтийскими корнями.

Таким образом, предки носительницы фамилии Крихтунова получили прозвище за малый рост, хрупкое телосложение или, возможно, за привычку крошить что-либо (в быту, в работе). Фамилия сохранила редкую диалектную черту, утраченную литературным языком.