Фамилия Крикуненко образована от прозвища Крикун. Обычно так называли беспокойного ребенка или спесивого, вспыльчивого человека, который кричал по любому поводу. Но могло быть и наоборот: прозвище закреплялось за обладателем спокойного характера, но очень громкого, зычного голоса — в деревне такой голос был слышен далеко, и его носителя узнавали по нему раньше, чем видели в лицо.

Суффикс -енко указывает на украинское происхождение фамилии. В украинской ономастике фамилии на -енко означали «маленький», «сын» или «потомок»: Крикуненко — сын Крикуна. В XVI–XVII веках эта модель была самой распространённой в Поднепровье и на Левобережной Украине, а позже вместе с переселенцами распространилась на Слобожанщину, Кубань и юг России.

Прозвище Крикун фиксируется в документах как минимум с XV века. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминается крестьянин Крикун, живший в конце XV века в Новгородской земле. На Украине фамилия Крикун встречается повсеместно, а её производные — Крикуненко, Крикунович, Крикунчук — сосредоточены в основном в Черкасской, Полтавской и Киевской областях.

Интересно, что прозвище Крикун могло относиться не только к человеку, но и к птице. В некоторых говорах «крикун» — это коростель или дергач, птица с резким, скрипучим голосом. Вряд ли это основная версия, но она показывает, насколько многозначным могло быть мирское прозвище в народной среде.

Позже прозвище Крикун, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его — и в быту, и в официальных документах. Так за носителем фамилии Крикуненко закрепилась память о предке, которого в округе знали прежде всего по голосу — либо по горячему нраву, либо по зычному крику, слышному за полполя.