Фамилия Крижненко — один из тех случаев, когда корень слова неочевиден, а суффикс выдаёт географию. Она образована по типичной украинской модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках означал «сын» или «потомок» (Крижненко — сын Крижня). Этот суффигс характерен для Поднепровья, Левобережной и Слободской Украины, где такие фамилии стали наследственными уже к концу XVII века.

Спор начинается с основы «Крижн-». Самая прямая версия — от украинского слова «криж» (крест). В таком случае Крижнем могли прозвать человека, который делал кресты, жил у придорожного креста или, в переносном смысле, нёс тяжелую ношу (крест судьбы). В говорах «криж» также могло относиться к крестцу (пояснице) — отсюда и прозвище по физической особенности. Менее вероятно, но возможно, что основа восходит к польскому krzyż (крест) или даже к немецкому Kreuz — в тех регионах, где на Украине селились колонисты.

Вторая гипотеза — отчество от имени Криж, которое могло быть народной формой христианского имени Кристофор или, реже, сокращением от Крижан (Крестиан). Но эта версия слабее: имя Криж в украинской антропонимии не зафиксировано как самостоятельное, а прозвищная модель «от предмета» всегда продуктивнее.

В русском написании фамилия могла закрепиться как Крижненко, хотя в украинской традиции встречается и Криженко (с «е» вместо «и»). Разница в произношении часто стиралась, и в документах XIX века один и тот же человек мог фигурировать под обоими вариантами. Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Харьковщине. В России она редка и встречается в основном у потомков переселенцев с Украины.

Род занятий предка-носителя прозвища Крижень мог быть любым: от плотника до крестьянина, но сама фамилия не указывает на сословие. В реестре казаков или мещан XVIII века она могла бы появиться одинаково часто.