Фамилия Крыжненко — это украинская фамилия, образованная по продуктивной модели с суффиксом -енко. В украинской антропонимии этот суффикс означает «сын» или «потомок», то есть Крыжненко — это буквально «сын или потомок Крыжня». Основа фамилии — прозвище Крыжень.

Ключ к пониманию фамилии — слово «крыж». В украинском языке «крыж» — это крест (от польского krzyż). Прозвище Крыжень могли дать человеку по нескольким причинам. Самая вероятная — по внешнему виду или одежде: например, человек с крестом на груди (монах, паломник, священник), либо человек, носивший крестик на шее. Есть и бытовая версия: «крыжем» называли перекрестье на рубахе или вышивку крестом. Менее распространённое, но возможное значение — человек, который жил на перекрёстке («на крыжах»).

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на принадлежность отцу (Иванов — сын Ивана), украинские фамилии на -енко фиксируют прозвище как родовое имя. Это значит, что первый носитель фамилии, вероятно, был известен в своей общине именно как Крыжень: возможно, он был набожным человеком, либо выделялся особой одеждой, либо жил в приметном месте.

Географически фамилия тяготеет к Центральной и Восточной Украине, особенно к Полтавщине и Черкасчине — классическому ареалу фамилий на -енко. В России фамилия встречается реже, в основном в южных регионах, куда переселялись украинские крестьяне.

Интересная деталь: в русских документах фамилию могли записывать на слух как Крыжнёнко (с ударением на «ё») или даже Крыжнев, путая суффиксы. Но исходная форма — именно Крыжненко, с корнем, восходящим к «кресту». Это не дворянская и не купеческая фамилия — она из крестьянской или казацкой среды, где прозвища давали по яркой черте, а не по сословию.