Фамилия Крыжнина — женская форма фамилии Крыжнин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Крыжна. В основе лежит слово «крыж», которое в старых русских говорах имело несколько значений. Самое распространённое — крест (от польского krzyż или западнорусского «крыж»). В таком случае Крыжна — это человек, носивший крест, либо тот, кто жил у придорожного или поклонного креста, либо даже прозвище по характеру: «крестоносец», «богомольный». Вторая версия, менее известная, но не менее правдоподобная: в южнорусских и украинских говорах «крыж» означал вид вышивки или узор в клетку. Тогда прозвище Крыжна могло относиться к ткачу, вышивальщику или портному, работавшему с клетчатой тканью. Наконец, в псковских и тверских диалектах «крыж» — это «кремень», так что предок мог быть каменотёсом или просто упрямым человеком (как кремень).

Фамилия образована по продуктивной модели на -ин, указывающей на принадлежность: «чей сын?» — Крыжнин. Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от основ на -а, -я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давались по мирским или календарным именам, Крыжнин почти наверняка восходит к прозвищу, а не к крестильному имени — в святцах имени Крыжна нет.

Географически фамилия редкая. По данным современных переписей, Крыжнины встречаются в основном в европейской части России — в Тверской, Псковской, Смоленской областях, а также на юге, в Ростовской области и Краснодарском крае. Эта разбросанность как раз подтверждает диалектную природу основы: в разных регионах слово «крыж» понимали по-своему, и прозвище возникало независимо в разных местах. Сословной привязки у фамилии нет: Крыжнины могли быть и крестьянами, и мещанами, и казаками — прозвище не указывает на социальный статус, а лишь на характерную черту или занятие предка.

Интересная деталь: фамилия Крыжнин встречается и среди старообрядцев. В староверческой среде «крыж» часто ассоциировался с «латинским крестом» (четырехконечным), который официальная церковь после реформы Никона отвергала. Поэтому у некоторых старообрядцев прозвище Крыжна могло иметь оттенок иронии или даже порицания — так могли назвать человека, который, по мнению общины, держался «неправильного» креста. Впрочем, это лишь гипотеза, основанная на конфессиональной лексике, а не на прямых источниках.