Прозвище Крыжний чаще всего связывают с украинским словом «крижень» — так называют крупную дикую утку, крякву. Скорее всего, прозвище закрепилось за охотником, который промышлял именно эту птицу, или за человеком, чья внешность или повадки напоминали утку. Менее распространённая, но тоже правдоподобная версия выводит фамилию из польского «krzyż» (крыж) — «крест». В таком случае Крыжним могли назвать набожного, богобоязненного человека, а на Украине это прозвище иногда давали католикам, подчёркивая их вероисповедание.

Сама фамилия образована по типичной восточнославянской модели: к основе «Крыжн-» добавили суффикс -ий, который в украинской и южнорусской традиции выполняет роль притяжательного окончания («чей?» — Крыжний, то есть сын или потомок Крыжня). Такая модель встречается реже, чем фамилии на -ов/-ев, и указывает на украинские или белорусские корни рода. В русских говорах фамилия могла трансформироваться в более привычную форму Крыжнев, но написание через «-ий» сохранило исходный говор носителей.

Географически фамилия Крыжний тяготеет к западным и центральным областям Украины, а также к пограничным регионам Беларуси и Польши. Встречается она нечасто, что неудивительно: из двух версий происхождения первая («утиная») привязана к локальному диалектному слову, а вторая («крестовая») — к польскому заимствованию, которое не стало массовым в русской ономастике.