Фамилия Крыжин — редкий случай, когда прозвище могло быть дано по вполне конкретному и не самому лестному занятию. Основа здесь — слово «крыж», которое в старых русских говорах имело два основных значения. Первое — крест, особенно католический (от польского krzyż), и второе — так называли упрямого, своенравного человека, «крыжа» в смысле «крест» на всю голову. Скорее всего, перед нами второй вариант: прозвище Крыж дали человеку с тяжелым, несговорчивым характером, с которым, как говорили, «один крест» — то есть одно мучение.

Модель образования проста и типична для русских фамилий центральных областей: суффикс -ин указывает на принадлежность. Крыжин — буквально «сын Крыжа» или «человек из семьи Крыжа». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от мирских имён и названий профессий, суффикс -ин в данном случае закрепил прозвище отца, не перешедшее в официальное имя.

Менее вероятна, но не исключена связь с географическим названием. В Польше, Беларуси и на западе России есть сёла и урочища с корнем Крыж- (например, Крыжовка). В таком случае Крыжин — выходец из тех мест. Однако для фамилии с суффиксом -ин такая топонимическая версия слабее: обычно переселенцев называли по названию места с суффиксом -ский или -цов, а не -ин.

Стоит обратить внимание на редкую орфографию. Фамилия пишется через «ы», а не через «и» (Крыжин, а не Крижин). Это верный признак того, что основа — именно русское диалектное слово «крыж», а не заимствованное «криж» (форма, распространённая у южных славян). В старых документах можно встретить вариант Крыжов, но Крыжин — самостоятельная, устоявшаяся форма, не связанная с плодом крыжовника.

Сословной привязки у фамилии нет. Крыжины встречались и среди крестьян, и среди мещан, и в духовенстве — последние могли получить фамилию по месту служения в храме, освящённом в честь Креста (например, в Крестовоздвиженской церкви). Но для большинства носителей история проще: был в роду человек по прозвищу Крыж, упрямый и себе на уме, и фамилия закрепилась за его потомками.