Фамилия Крыжиновский — одна из тех, в которых польская модель образования наложилась на восточнославянскую основу. Её ядро — корень «крыж», который в польском и украинском языках означает «крест». В польском krzyż — это крест, а в украинских говорах «криж» или «крыж» имело то же значение, но дополнительно могло обозначать перекрёсток (место, где дороги сходятся крестом). Суффикс «-овский» (польск. -owski) указывает на принадлежность к месту или роду: Крыжиновский — «тот, кто из Крыжинова» или «связанный с Крыжиновом». Так могли называть шляхтича, владевшего деревней Крыжиново, или крестьянина, переселённого из такой местности.

География фамилии выдаёт её западнорусское происхождение. Наибольшее распространение Крыжиновские получили на территории бывших Речи Посполитой и Галиции — в современной Беларуси, западной Украине и восточной Польше. В Российской империи фамилия фиксировалась преимущественно среди мелкопоместной шляхты и мещан, реже — среди крестьян, получивших фамилию по названию имения или местечка. В документах XIX века встречаются варианты написания: Кржижановский, Крыжановский и Крыжиновский — это одна и та же основа, но с разными огласовками и суффиксальными вариациями. Путаница усиливалась тем, что польское krzyż могло передаваться в русской записи и как «кржиж», и как «крыж».

Одна из версий связывает фамилию не с географическим названием, а с прозвищем. «Крыж» на юго-западных землях могло означать не только крест, но и человека, который носил нательный крест особого вида, или того, кто жил на перекрёстке. Однако суффикс «-иновский» скорее тяготеет к топонимической модели: в польской ономастике фамилии на -owski почти всегда указывают на владение или происхождение из населённого пункта. На карте современной Польши есть несколько деревень с названием Кшижанув (Krzyżanów), что фонетически близко к Крыжинов — оттуда и мог пойти род.

Социальный контекст фамилии тоже примечателен. В отличие от массовых крестьянских фамилий на -ов/-ев, Крыжиновский — типичный пример «шляхетского» окончания. В XVIII–XIX веках многие польские и ополяченные белорусские дворяне носили именно такие фамилии, и после разделов Речи Посполитой их вносили в родословные книги российских губерний. Но из-за сословной политики часть Крыжиновских, не сумев подтвердить дворянство, записывалась в мещане или однодворцы. Поэтому в архивах можно найти как столбовых дворян Крыжиновских, так и их однофамильцев-крестьян — разница была лишь в документах, а не в происхождении фамилии.