Фамилия Крыжнова — женская форма от мужской Крыжнов, и в её основе, скорее всего, лежит прозвище, связанное с крестом. Слово «крыж» в старых русских говорах, особенно в юго-западных и белорусских землях, означало именно крест, часто католический (от польского krzyż). Человек, носивший прозвище Крыж, мог быть либо выходцем из католических регионов, либо иметь отношение к кресту — например, стоять на перекрёстке дорог, носить нательный крест особой формы или даже быть связанным с крестным знамением. Модель образования фамилии простая: к основе «Крыж» добавили суффикс -н-, который в русских фамилиях часто указывает на принадлежность («чей?»), а затем родовой суффикс -ов. Получается «сын Крыжного», то есть потомок человека по прозвищу Крыж.

В отличие от более распространённых фамилий вроде Крыжов (от ягоды) или Крыжовников, фамилия Крыжнов встречается заметно реже и имеет более чёткую географическую привязку. По данным исторических документов, носители фамилии Крыжнов и её вариантов (Крыжнев, Крыжан) фиксировались преимущественно в Курской, Орловской, Воронежской губерниях, а также на территории современной Беларуси. Это подтверждает связь с польским или западнорусским влиянием: в этих областях слово «крыж» было в ходу, а православное население нередко получало прозвища, отличавшие их от католиков-соседей.

Словообразовательный суффикс -н- в фамилии Крыжнов — не самый типичный для русских фамилий на -ов. Обычно суффикс -ов крепится прямо к основе (Крыж → Крыжов), но здесь мы видим промежуточное звено: сначала прилагательное «крыжный» (свойственный кресту), а уже от него — фамилия. Такая модель встречается у фамилий, образованных от прилагательных на -ный: например, Бедный → Беднов, Смешной → Смешнов. Она указывает на то, что прозвище Крыжный могло быть не столько именем, сколько описанием внешности или поведения — «тот, кто похож на крест» или «кто живёт у креста». В ономастических работах Б. Унбегана эта модель описана как редкая, свойственная скорее северным и центральным регионам, но в случае с Крыжновым мы видим южный след.

Есть и альтернативная версия, менее вероятная, но заслуживающая упоминания: в некоторых говорах «крыж» называли также особую породу собак или даже вид птицы, однако документальных подтверждений этому в фамилиях нет. Гораздо правдоподобнее, что предок носителя фамилии Крыжнов жил на перекрёстке дорог (крыже) или выделялся чем-то, напоминающим крест — например, осанкой или ремеслом (изготовление крестов). В любом случае, фамилия эта — не про ягоды, а про символ, и её редкость делает её особенно интересной для тех, кто ищет свои корни в пограничье русских и польских земель.