Фамилия Крыжникова — женская форма фамилии Крыжников. Её основа — слово «крыжник». В русских говорах так называли куст крыжовника или место, где он растёт. Однако прозвище Крыжник вряд ли давали человеку, который просто любил ягоды. Скорее всего, оно указывало на занятие: разведение крыжовника, торговлю им или проживание рядом с большим крыжовниковым садом. В некоторых диалектах «крыж» означал крест или перекрёсток, но для этой фамилии версия с растением выглядит убедительнее — суффикс -ник типичен для названий растений и мест (малинник, березняк), и по аналогии им же называли человека, связанного с таким местом.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: прозвище на -ник → притяжательное прилагательное с суффиксом -ов (чей? — Крыжников) → фамилия. Суффикс -ов, а не -ин, указывает на то, что основа оканчивалась на согласный (Крыжник). Такие фамилии массово закреплялись в XVI–XVII веках, в основном среди крестьян и посадских людей, когда прозвище окончательно переходило в наследственное имя.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и южных регионах России, где крыжовник — традиционная садовая культура. В Воронежской, Тамбовской, Рязанской областях её фиксируют чаще, чем на севере. В письменных источниках XVII века, например в переписных книгах, можно найти крестьян с прозвищем Крыжник без фамильного суффикса, что подтверждает народное происхождение.

Редкий случай: фамилия Крыжникова могла возникнуть и от географического названия — деревни Крыжники (такие есть в Беларуси и на Украине). Тогда её носитель — выходец из этой деревни. Но для русского ареала версия с прозвищем по занятию всё же основная.

Двойственное написание — через «о» (Крыжников) или изредка через «е» (Крыжнеков) — связано с аканьем, которое не отражалось на письме до унификации фамилий в XIX веке. Современная орфография закрепила вариант с «о».