Фамилия Крниенко звучит необычно для русского уха, и её разбор начинается с вопроса: откуда взялся корень «Крн-»? В русском языке сочетание «крн» почти не встречается в начале слов, что сразу указывает на иноязычное происхождение основы. Скорее всего, перед нами украинская или южнорусская фамилия, образованная от прозвища, которое пришло из тюркских языков. В тюркском «кыр» или «кырн» означает «поле», «степь» или «пустошь». Прозвище Крн могли дать человеку, жившему в степи, на открытой равнине, либо тому, кто пришёл оттуда.

Украинский суффикс -енко (с ударением на -ко) типичен для фамилий, означающих «маленький» или «сын»: Крниенко буквально — «сын Крня» или «потомок того, кого звали Крн». Такая модель была особенно распространена в левобережной Украине, в Полтавской, Черниговской, Киевской губерниях. Если фамилия действительно украинская, то её носители могли быть крестьянами или казаками, получившими прозвище по месту жительства — у степи, на выгоне.

Есть и другая, менее вероятная версия. В польском и белорусском языках слово «karny» означает «карательный», «наказной», а форма «karny» могла сократиться до «Karn» и затем исказиться при записи в метриках. Но для фамилии Крниенко такое объяснение натянуто: в украинских документах XIX века фамилии с корнем «Крн-» встречаются крайне редко, что говорит о её локальности.

Важная деталь: написание с двумя «н» (Крниенко, а не Крненко) указывает на то, что в основе лежала форма «Крний» или «Крнiй» — притяжательное прилагательное. То есть прозвище было не просто Крн, а Крний (степной, полевой), и уже от него пошёл патроним. Это сближает фамилию с редкими украинскими образованиями вроде Дрогниенко или Свиниенко, где корень тоже неочевиден.

В современной России фамилия Крниенко встречается единично, в основном на юге и в центральных областях. Носители, вероятно, потомки переселенцев с Украины времён Столыпинской аграрной реформы или более поздних миграций. О точном значении прозвища можно спорить, но яснее всего версия о степном происхождении: предок получил имя по месту жительства или роду занятий, связанному с открытым пространством.