Фамилия Корниенко — один из ярких примеров украинской модели фамилий на -енко, которая буквально означает «сын Корния» или «потомок Корния». В основе лежит просторечная форма крестильного имени Корнелий. Само имя Корнелий восходит к латинскому слову «cornu» — «рог». Есть и другая версия: от латинского «cornum» (ягода кизила), что делает возможной связь с «растительной» темой, но она менее распространена.

Фамилию образовали по типичной восточнославянской модели: к основе имени (Корний или Корней) добавили патронимический суффикс -енко. В XVII–XVIII веках такие фамилии были распространены в основном на Левобережной и Слободской Украине, где суффикс -енко вытеснял другие формы. Со временем он утратил прямое значение «сын» и закрепился как фамильный.

В православной традиции известно несколько святых покровителей имени Корнелий. Среди них — преподобный Корнилий Переяславский (в миру Конон), сын рязанского купца. В юности он ушёл из дома, жил послушником у старца Павла в Лукьяновской пустыни под Переяславом, затем перешёл в Борисоглебскую обитель на Песках, где усердно исполнял послушания. Другой известный святой — римский папа Корнелий, отстаивавший право епископов прощать тяжкие грехи.

Встречается и альтернативная версия, связывающая фамилию не с именем, а с прозвищем Корень от нарицательного «корень» (часть растения). Такие «растительные» фамилии на Украине тоже встречаются, но для Корниенко версия с крестильным именем выглядит убедительнее: суффикс -енко традиционно присоединяли именно к личным именам, а не к нарицательным основам. Таким образом, в подавляющем большинстве случаев фамилия Корниенко указывает на предка по имени Корний (Корней).