Фамилия Корни — редкий случай, когда основа совпадает с формой множественного числа нарицательного существительного. В большинстве русских фамилий на -ов, -ин или -ский основа — это притяжательное прилагательное (чей? — Корнев, Корнин). Здесь же перед нами «застывшая» форма именительного или родительного падежа множественного числа: Корни. Такая модель нетипична для центральной России, но встречается на Украине и в южнорусских областях, где фамилии нередко записывали в виде прозвища без суффикса.

Само слово «корни» — множественное число от «корень». Прозвище Корень давали крепкому, основательному человеку или тому, кто занимался выкорчёвкой пней и расчисткой земли под пашню. В говорах «корень» могло означать и «род, племя» — так могли назвать главу большого семейства. Фамилия Корни, таким образом, могла закрепиться за потомками человека с прозвищем Корень, но в документальной записи оказалась форма множественного числа — возможно, из-за того, что прозвище относилось ко всей семье («Корни» в значении «семья Корня»).

Есть и другая версия: фамилия могла возникнуть из украинской или белорусской модели, где фамилии на -и, -ы (Корни, Косы, Лозы) образуются напрямую от нарицательных слов. В таком случае Корни — это те же «корни», но прозвище могло относиться к человеку, похожему на корень: коренастому, невысокому, жилистому.

Встречаемость фамилии низкая. В современной России она фиксируется в основном на юге (Краснодарский край, Ростовская область) и в восточных регионах Украины. Вариант Корни не следует путать с фамилией Корний (от имени Корнилий) — это разные по происхождению основы.