Фамилия Крохоняткина — женская форма мужской фамилии Крохоняткин. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Крохонятка. Словообразовательная модель проста: суффикс -к- указывает на уменьшительно-ласкательную форму, а затем к основе добавился фамильный суффикс -ин, который в русских фамилиях означает принадлежность: «сын Крохонятки».

Корень — «крох-», родственный словам «кроха», «крошка», «крохотный». Крохоняткой на Руси могли назвать самого младшего ребёнка в семье, малыша, маленького ростом человека или того, кого ласково называли «крошечкой». В говорах встречаются и другие однокоренные прозвища: Кроха, Крохин, Крохаль. Фамилия Крохоняткин выделяется среди них редким суффиксом -онятк-, который придаёт слову особый оттенок уменьшительности и даже некоторой нежности — так могли звать не просто маленького, а совсем крохотного, «с ноготок».

Географически фамилия редкая и не имеет широкого распространения. Встречается в основном в центральных и северных регионах России, где были сильны традиции прозвищного именования. В дореволюционных источниках Крохоняткины могли быть крестьянами или мещанами — фамилия не указывает на дворянское происхождение.

Интересно, что в некоторых говорах слово «крохоня» означало не только «малыш», но и «скупой, прижимистый человек», который «крошит» каждую копейку. Однако для фамилии Крохоняткина первая, «детская» версия выглядит убедительнее: ласкательный суффикс -онятк- почти всегда использовался в обращениях к детям, а не к взрослым. Так что предок нынешних Крохоняткиных, скорее всего, был младшим сыном или просто очень маленьким человеком, которого в семье ласково называли Крохоняткой.