Фамилия Кронштадкин — редкий случай в русской ономастике, когда в основе лежит не имя, не ремесло и не природный объект, а название города-крепости. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных от прозвищ или канонических имён, Кронштадкин происходит от топонима Кронштадт (нем. Krone — «корона» и Stadt — «город», то есть «Коронный город»). Это сразу выдаёт в её носителе человека, чьи предки имели прямое отношение к этому балтийскому порту.

Модель образования фамилии — суффикс -ин, который в русском языке обычно указывает на принадлежность: «чей?» — Кронштадткин, то есть сын человека из Кронштадта или служащий при нём. Однако в данном случае основа не личное имя (как в фамилиях Пушкин или Ильин), а географическое название. По той же логике возникли фамилии Москвин, Казанцев или Тверитинов, но Кронштадткин — вариант с суффиксом притяжательности, а не с типичным для переселенцев -ов или -ев. Со временем в устной речи конечное «т» могло отпасть (Кронштадкин вместо Кронштадткин), что и закрепилось в официальной записи.

Кем же могли быть предки? Кронштадт — военно-морская база и торговый порт, основанный Петром I. Фамилия могла закрепиться за матросом, офицером, мастеровым Адмиралтейства или купцом, который постоянно жил или служил в Кронштадте. В списках мещан и купечества XIX века такие «географические» фамилии часто давали не самим переселенцам, а их детям, родившимся уже в другом месте, но по документам числившимся «из Кронштадта». Иначе говоря, предок Кронштадкин — это человек, который либо сам был уроженцем города, либо его отец был настолько тесно связан с Кронштадтом, что это стало родовым прозвищем.

Стоит заметить, что фамилия не получила широкого распространения за пределами Петербургской губернии и Прибалтики. В центральных и южных губерниях России она практически не встречается — это дополнительно подтверждает её узкую локальную привязку. Таким образом, Кронштадкин — не просто «фамилия от названия города», а маркер морской или военной службы предков, живших в одном из ключевых портов Российской империи.