Фамилия Кронштадтов — редкий случай, когда фамилия образована не от имени, профессии или прозвища, а от географического названия, причём с ярко выраженной искусственной, «кабинетной» природой. Её основа — Кронштадт, город-порт на острове Котлин в Финском заливе, основанный Петром I в 1704 году как крепость и главная база Балтийского флота. Само название города — немецкое: Krone (корона) и Stadt (город), то есть «Коронный город», что подчёркивало его особый статус императорской резиденции и военной твердыни.

В отличие от большинства русских фамилий на -ов, которые образовывались от мирских имён или прозвищ (Иван — Иванов, Кузнец — Кузнецов), Кронштадтов — фамилия семинарская или, шире, искусственная. В XVIII–XIX веках в духовных училищах и семинариях ученикам нередко давали фамилии по названиям городов, храмов, церковных праздников. Священник или дьякон, служивший в Кронштадте, мог получить фамилию Кронштадтский, а его сын или внук — уже Кронштадтов, по модели «город + -ов». Это объясняет и суффикс: -ов здесь не столько притяжательный (чей?), сколько оформительский, превращающий топоним в фамилию по образцу «Москва — Москвин», но с другой огласовкой.

Версия о происхождении от прозвища «Кронштадт» для человека, который долго жил в этом городе или служил на флоте, менее вероятна. Прозвища по городам обычно давали в форме «Кронштадтский» (как «Москвич», «Тверич»), а не в виде чистого топонима. Кроме того, для русского уха XVIII века «Кронштадт» звучало как чужое, немецкое слово, и вряд ли его стали бы использовать как бытовое прозвище. Скорее всего, фамилия закрепилась именно в среде духовенства: среди потомков священнослужителей, чьи предки были приписаны к Андреевскому или Владимирскому собору Кронштадта, либо получили фамилию в память о месте обучения — Кронштадтском морском кадетском корпусе (хотя это уже реже).

Сословно носители фамилии Кронштадтов — почти наверняка выходцы из духовного звания. В метрических книгах XIX века эта фамилия встречается в основном у священников, диаконов и псаломщиков, особенно в Петербургской и Новгородской губерниях. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её искусственное, «семинарское» происхождение. В советское время фамилия практически исчезла из-за малой распространённости и, возможно, из-за «неблагонадёжного» звучания (Кронштадт ассоциировался с восстанием 1921 года). Сегодня она встречается крайне редко, в основном у потомков тех самых священнических династий.