Фамилия Крошечкина образована от мужской формы Крошечкин, а та, в свою очередь, — от нецерковного имени или прозвища Крошечка. Самое простое и вероятное объяснение: Крошечкой родители ласково называли маленького ребёнка. В крестьянском быту домовые имена вроде Крошка, Малыш, Малюта были обычным делом — их давали не в насмешку, а по-домашнему, и они закреплялись за человеком на всю жизнь.

Менее убедительна версия, что Крошечка — это прозвище взрослого человека маленького роста или бедняка. Ономастика знает множество фамилий от корня крох-/крош- (Крохин, Крошкин, Крошнин), и почти все они восходят к детским именам, а не к описанию внешности. Исключения редки и обычно требуют дополнительных исторических подтверждений, которых для этой фамилии нет.

Словообразовательная модель типична для северных и центральных областей России: основа Крошечк- плюс притяжательный суффикс -ин. Окончание -а указывает на женскую линию (дочь или жена Крошечкина). Фамилии на -ин в основном принадлежали крестьянам и мещанам, реже — духовенству.

Среди известных носителей фамилии — архиепископ Павлин (в миру Пётр Кузьмич Крошечкин, 1879–1937). Он был епископом Православной Российской Церкви, в 2000 году причислен к лику святых. Его фамилия — того же корня, что и Крошечкина, но с суффиксом -ин и без дополнительного -к- в основе. Это показывает, как варьировались народные формы: Крошечка → Крошечкин, Крошка → Крошкин, Крошечка → Крошечкин.