Фамилия Крошеницина — женская форма, мужская, соответственно, Крошеницин. В основе лежит прозвище или мирское имя, связанное с глаголом «крошить». Самое прямое объяснение: предок был человеком, который занимался измельчением чего-либо — мог быть мельником, толоконником, либо мастером, дробившим руду или камень. Но есть и более бытовая версия: в русских говорах «крошенина» или «крошеница» — это мелко нарезанная еда, крошево, часто — квашеная капуста или толокно, разведённое на воде или квасе. Прозвище Крошеня или Крошеница могли дать человеку, который любил такую еду, либо тому, кто её готовил.

Словообразовательная модель здесь не самая частая. Суффикс -иц- (-ицин) в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин. Он образует притяжательные прилагательные от существительных с основой на -ица: Крошеница — Крошеницын. Со временем, под влиянием акающего произношения, «ы» перешло в «и», и фамилия закрепилась как Крошеницин. Это типичная севернорусская или среднерусская черта, где фамилии на -ицын нередки (сравните с Голицын, Куницын).

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям. Встречается в старых писцовых книгах Новгородской и Вологодской земель, где прозвища, образованные от бытовых реалий, были особенно распространены. В отличие, скажем, от фамилии Крошкин, где основа — «крошка» (маленький человек), Крошеницин прямо указывает на действие или предмет, а не на внешний признак. Это делает фамилию более «ремесленной» по происхождению.

В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется в разных вариантах написания: Крошеницын, Крошеницин, реже — Крошеницкий (под влиянием польской модели). Устойчивая форма с «и» в суффиксе окончательно закрепилась только к XIX веку. Никакого отношения к слову «крошиться» в смысле «разрушаться» фамилия не имеет — это ложное сближение.