Фамилия Крошененко — это отчество второго порядка, указывающее на то, что её носитель является внуком человека по имени Кроша. Исходная форма фамилии, скорее всего, звучала как Крошиненко (сын Крошина), но со временем, под влиянием живого произношения, гласный в корне изменился, и закрепился вариант Крошененко.

В основе лежит нецерковное (мирское) имя Кроша. В древнерусских семьях так могли ласково называть маленького ребёнка — попросту «крошкой». Это имя не было редкостью: его давали как оберег или просто по-домашнему, и оно закреплялось за человеком на всю жизнь.

Существует и другая версия, менее вероятная: Крошей могли прозвать взрослого человека — либо за низкий рост («кроха»), либо за бедность («крохи», то есть скудное имущество). Однако первое объяснение (ласкательное имя для младенца) выглядит правдоподобнее, потому что в русской ономастике мирские имена от слов «малый», «крошка» встречаются часто и обычно не несут отрицательного смысла.

Суффикс -енко — типичный для украинских фамилий. В XVII–XVIII веках на землях современной Украины и юга России отчества на -енко (а позже и фамилии) активно вытесняли более древние формы на -ов и -ин. Таким образом, Крошененко — это фамилия, сформировавшаяся в украинской среде, но по корню связанная с общеславянской традицией ласковых внутрисемейных имён.

Если сравнивать Крошененко с однокоренными фамилиями — Крошкин, Крошнин, Крошко, — то именно форма с -енко указывает на конкретную модель: «внук Кроши». Это не просто прозвище по росту, а целое родовое имя, которое закрепилось за потомками человека по имени Кроша.