Основой фамилии Крошененко послужило мирское имя Кроша. Скорее всего, фамилия Крошененко является фонетическим варантом фамилии Крошенинко и представляет собой отчество второго порядка: Крошиненко — сын Крошина и внук Кроши. Фамилия Крошиненко образована от нецерковного имени Кроша, которое, скорее всего, родители дали маленькому ребенку. В семьях ребенка часто называли просто Крошка. Согласно другой, менее правдоподобной версии, в основе фамилии Крошиненко лежит не мирское имя, а прозвище Кроша, которое могли дать человеку маленького роста или бедняку. Суффикс -енко указывает на возможное украинское происхождение фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Кроша, со временем получил фамилию Крошененко.