Фамилия Кручаненко образована по распространённой в украинской ономастике модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, по данным исследователя Б. Унбегауна, изначально означал «сын» или «потомок», то есть Кручаненко — буквально «сын Кручана». В основе фамилии лежит прозвище Кручан, которое, скорее всего, связано с прилагательным «крутой» или глаголом «крутить».

Самая вероятная версия происхождения — прозвище по ремеслу или занятию. «Кручаный» в диалектах могло означать «витой», «свитый». Такое прозвище могли дать мастеру, который изготавливал верёвки, канаты или кручёные нити, — ремесленнику, чья работа была связана с витьём и скручиванием. Также «круча» в некоторых говорах — это обрыв, крутой берег или холм, и прозвище Кручан мог получить человек, живший на возвышенности или у обрыва.

Менее вероятна, но возможна связь с личным именем. В старину существовало некалендарное имя Круч, которое давали ребёнку как оберег, чтобы он вырос «крутым», то есть сильным и упрямым. От этого имени через патронимическую форму Круча и образовалось бы Кручаненко.

Фамилия Кручаненко — типично украинская: суффикс -енко характерен для центральных и восточных областей Украины, особенно для Полтавщины, Черкащины и Киевщины. В России эта фамилия встречается реже, чаще всего как результат переселения украинцев в XVIII–XIX веках. Среди однокоренных фамилий — Крученко, Круча, Кручинин, Крутов. Если предок носителя фамилии был ремесленником или жил на крутом берегу — сказать точно уже невозможно, но оба варианта имеют равное право на существование.