Фамилия Крупальник — один из тех случаев, когда профессиональное прозвище застыло в суффиксе и перешло в наследство. В её основе лежит слово «крупа» — мелко дроблёное зерно. Носитель такой фамилии, скорее всего, был либо тем, кто производил крупу (крупорушом на мельнице или в домашнем хозяйстве), либо торговал ею. Формант «-льник» в русских фамилиях редок и указывает на лицо по действию или орудию: ср. «паяльник» (тот, кто паяет) или «точильник». В случае Крупальника модель прозрачна: «крупа» → «крупаль(ный)» → «крупальник» — человек, занятый в крупяном деле.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям, особенно к Волыни, Подолью и Беларуси. В этих регионах в XIX веке было распространено изготовление гречневой, ячневой и пшённой крупы, и прозвище Крупальник могло закрепиться за владельцем крупорушки или за работником на ней. Встречаются и варианты написания: Крупельник, Крупальников (с русифицированным суффиксом -ов), но исходная форма на -ник сохранилась как раз в тех краях, где фамилии на -ук, -енко и -ник были обычны.

Словообразовательная модель интересна ещё и тем, что суффикс -льник в фамилиях часто конкурирует с более частотным -щик/-чик. Крупальщик звучало бы логично, но победил вариант с -льник — возможно, под влиянием польского или украинского языка, где -льник продуктивнее (ср. польск. «krupnik» — крупяной суп, но и «krupnikarz» — крупяной торговец). В словарях Б. Унбегауна подобные фамилии не выделены отдельно, но общая модель «основа ремесла + -ник» описана как типичная для восточнославянских прозвищ.

Есть и другая, менее вероятная версия: от диалектного «крупаль» — человек с крупными чертами лица или коренастый. Однако она слабее, потому что прозвища по внешности редко образуются с суффиксом -ник, который прочно ассоциируется с профессией. К тому же «крупаль» в значении «толстяк» не зафиксирован в авторитетных словарях русских говоров, а «крупальник» как название работника — прямое и логичное.

Таким образом, Крупальник — редкая, но чёткая профессиональная фамилия. Её носители, вероятно, происходят из крестьян или мещан западных губерний Российской империи, где переработка зерна была одним из основных промыслов. Фамилия не дворянская, не купеческая — она из тех, что «говорят сами за себя» без приставок и окончаний.