Фамилия Крушенко образована по распространённой в украинской ономастике модели с суффиксом -енко, который изначально означал «сын» или «потомок». То есть Крушенко — это «сын Круша» или «маленький Круш». Основа — прозвище Круш. В украинском языке слово «круш» имеет несколько значений: это может быть «крушение», «разрушение», а также диалектное название для крушины (ломкой, хрупкой древесины). Однако вряд ли прозвище давали напрямую из-за негативного смысла «разрушитель». Скорее, оно связано с глаголом «крушити» (ломать, дробить) и могло относиться к человеку с крутым нравом, упрямому или же к тому, кто занимался дроблением чего-либо — например, на мельнице или в ремесле.

Вероятно, исходное прозвище Круш давали либо сильному, ломовому человеку, либо, наоборот, тому, кто «крушил» врагов в бою. Встречается и более прозаичное объяснение: в некоторых говорах «круш» — это обломок, осколок, и такое прозвище мог получить человек с физическим недостатком (например, без руки или ноги), но это менее вероятно.

С географической точки зрения фамилия Крушенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине, где суффикс -енко был основным способом образования фамилий у казаков и крестьян. В России фамилия встречается реже, чаще всего как результат миграции украинцев в XVIII–XIX веках.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Крушинин, Крушанов, Крушев — показывает, что основа «круш» была продуктивной в разных регионах. Но именно форма Крушенко однозначно указывает на украинское происхождение и на то, что предок носителя фамилии был, скорее всего, казаком или крестьянином, получившим прозвище за характер или занятие.