Фамилия Крякшена — редкий случай, когда носительницей женского варианта является женщина, а мужской вариант (Крякшен) почти не встречается в документах. В русской традиции фамилии на -а без пары на согласный обычно указывают на украинское или белорусское происхождение, но здесь ситуация сложнее.

Основа фамилии — «кряк» или «крякш». Первое, что приходит в голову, — связь со звукоподражанием «кряк» (утка крякает). В русских говорах «крякать» означало не только издавать звук, но и кашлять, хрипеть. Прозвище Кряк или Крякша могли дать человеку с хриплым голосом, кашлем, либо тому, кто постоянно покрикивал. Это самая прямая версия.

Суффикс -ш- в основе «Крякша» — редкий словообразовательный элемент. В русской ономастике суффикс -ш- (как в фамилиях Гриша, Федяша, Паша) мог быть уменьшительным или пренебрежительным, но в данном случае он, скорее всего, входит в состав прозвища целиком, а не прибавлен позже. То есть прозвище Крякша — это не «маленький Кряк», а самостоятельное образование.

Фамилия Крякшена, скорее всего, возникла в северных или центральных губерниях России, где прозвища от звукоподражаний были распространены. В документах XIX века встречаются крестьяне с фамилией Крякшин (с суффиксом -ин), но вариант Крякшена — это либо женская форма от Крякшен (что маловероятно из-за редкости), либо результат диалектного произношения, когда окончание -а закрепилось в качестве фамилии для всей семьи. В украинской традиции фамилии на -а (Крякшена) могли образовываться от прозвища Крякшен, где -ен — суффикс принадлежности («чей?» — Крякшенов сын), но потом окончание отпало.

Единой версии нет, но наиболее правдоподобно, что предок носительницы фамилии Крякшена имел прозвище Крякша — человек с хриплым голосом или кашлем, а фамилия закрепилась в форме, характерной для южнорусских или украинских говоров. Если же считать фамилией женскую форму, то её мужской вариант — Крякшен — мог быть образован от имени Крякша с помощью суффикса -ен (как Гришен от Гриша), что встречается в западных регионах.