Фамилия Крякушин образована от прозвища или мирского имени Крякуша. Слово «крякуша» в народной речи имеет два тесно связанных значения. Первое — это диалектное название кряквы, дикой утки, от которой произошла домашняя птица. Второе значение отсылает к глаголу «крякать» — не только кричать по-утиному, но и «кряхтеть, охать, трещать». Поэтому прозвище Крякуша могли дать либо человеку, который мастерски подражал утиному кряканью или был охотником, подманивающим уток, либо тому, кто часто кряхтел или издавал характерные звуки.

Если же Крякуша — это мирское имя, родители нарекали им ребенка, желая, чтобы природа приняла его как своего. Считалось, что через такое имя к малышу перейдут полезные качества животного или птицы, в данном случае — утки. Фамилия построена по типичной модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Крякушин, то есть сын Крякуши. Потомок человека с таким именем или прозвищем со временем и получил фамилию Крякушин.