Фамилия Кшижинский — характерный пример польской фамилии, образованной по модели с суффиксом -инский/-ский. Её основа — польское слово «krzyż» (крест). Носитель прозвища Кшиж, скорее всего, выделялся набожностью, благочестием или особым почитанием креста как символа веры. Суффикс -инский в польской ономастике выполнял двойную роль: он указывал на происхождение из определённой местности или на принадлежность к роду человека, носившего прозвище Кшиж. Таким образом, Кшижинский — это, в первую очередь, потомок Кшижа.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, польские фамилии на -ский чаще встречались среди шляхты, но со временем распространились и среди крестьян, перенимавших дворянскую модель именования. Фамилия Кшижинский географически привязана к историческим землям Речи Посполитой — современной Польше, Западной Украине и Беларуси. В русских документах XIX века фамилию могли записывать как Кржижинский или Кржижанский, адаптируя польское произношение к кириллице.

В основе фамилии — не имя, а прозвище, что типично для славянской антропонимии. Прозвище Кшиж мог получить не только набожный человек, но и тот, кто носил крест, участвовал в крестном ходе или жил у придорожного креста. В ономастических трудах Б. Унбегауна и В. Никонова отмечается, что фамилии на -ский, образованные от названий предметов культа, часто возникали в среде духовенства, но Кшижинский — скорее светская фамилия, указывающая на личное качество предка.

Словообразовательная модель проста: корень krzyż- (крест) + суффикс -ин- + -ский. Фамилия не имеет вариантов с уменьшительными суффиксами, что говорит о её сравнительно позднем оформлении — в XVII–XVIII веках, когда прозвища уже закреплялись в документах как наследственные. Споров о происхождении основы нет: связь с «крестом» признаётся всеми этимологами, а альтернативные версии (от географических названий типа Кшижово) лишь уточняют, что прозвище могло перейти в фамилию через именование по месту жительства.