Фамилия Кубанкина — женская форма мужской фамилии Кубанкин, и её разбор стоит начать с редкого словообразовательного нюанса. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ин, которые образованы от основ на -а/-я (сын Кузьмы — Кузьмин, сын Фомы — Фомин), здесь мы видим суффикс -ин, присоединённый к основе, оканчивающейся на согласный. Это сразу указывает на то, что исходная фамилия Кубанкин не могла произойти напрямую от имени или прозвища Кубана (как, скажем, Кубанин). Скорее всего, перед нами пример вторичного образования: первоначально существовала фамилия Кубанков (от прозвища Кубанок), а затем, по аналогии или в результате диалектного переоформления, она перешла в разряд фамилий на -ин. Такие переходы встречаются в южнорусских и украинских говорах, где граница между суффиксами -ов и -ин была подвижной.

Корень фамилии — «кубан-» — отсылает к реке Кубань или к одноимённому региону. Однако прямое значение «житель Кубани» для прозвища Кубанка маловероятно: в русской ономастике так называли не столько человека, сколько породу лошадей (кубанка — низкорослая, выносливая лошадь) или вид шапки (кубанка — высокая меховая шапка). Прозвище Кубанок могли дать человеку, который носил такую шапку, торговал лошадьми этой породы или сам обладал приземистым, коренастым телосложением, напоминавшим кубанскую лошадку. Вторая, менее очевидная версия, — связь с диалектным глаголом «кубанить» (гнуть, мять, комкать). В этом случае прозвище Кубанок мог получить неаккуратный человек, который всё мнёт, или, наоборот, работник, занятый сгибанием чего-либо (например, прутьев для плетня).

Социальный состав носителей фамилии неоднороден. Встречается она как среди крестьян центральных губерний (Тульская, Рязанская), так и у казачества, но казачья ветвь, скорее всего, связана именно с прозвищем по шапке или лошади. В метрических книгах XIX века Кубанкины фиксируются и как мещане в уездных городах, что подтверждает бытовое, а не географическое происхождение фамилии: если бы предок был выходцем с Кубани, его бы скорее записали как Кубанцева или Кубанского. Таким образом, современная фамилия Кубанкина хранит память не о реке, а о конкретной вещи или черте — шапке, лошади или привычке мять одежду.