Фамилия Кубанкин на первый взгляд кажется простой, но её корень ставит перед исследователем неожиданный выбор. Основа — «кубанк» — может указывать на два совершенно разных источника: географический и прозвищный.

Самое очевидное объяснение — связь с рекой Кубань или Кубанским регионом. В этом случае фамилия образована по типичной русской модели: сначала появилось прозвище Кубанок или Кубанка (так могли называть переселенца с Кубани или казака), а затем к основе добавился суффикс принадлежности -ин. Форма Кубанкин — это вариант с дополнительным суффиксом -к-, который в русских фамилиях часто указывает на уменьшительно-ласкательное или обиходное прозвище (сравните: Петя — Петька — Петькин). То есть предка звали не просто «Кубан», а «Кубанка» — возможно, молодой казак или парень с характерной внешностью.

Но есть и другая, менее распространённая версия. В южнорусских говорах словом «кубанка» называли не только жительницу Кубани, но и разновидность шапки — высокую папаху с плоским верхом. Если прозвище Кубанка дали человеку, который постоянно носил такую шапку или шил их, то фамилия Кубанкин оказывается «шапочной», а не географической. Словарь русских народных говоров фиксирует это значение, так что версия не надуманная.

Фамилия редкая, её концентрация заметна на юге России — в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Поволжье, куда переселенцы уходили в XVIII–XIX веках. Суффикс -ин, а не -ов, указывает на то, что прозвище оканчивалось на -а или -я, что типично для прозвищ с уменьшительным оттенком. Если бы основа звучала как «Кубань» или «Кубан», мы бы получили Кубанёв или Кубанов.

Социальный статус носителей, скорее всего, крестьянский или казачий. Дворянских родов Кубанкиных в гербовниках нет. Фамилия не упоминается в классических трудах Унбегауна или Никонова, что подтверждает её локальный, «низовой» характер. Вероятнее всего, предок Кубанкиных — вольный казак или крестьянин, перебравшийся с Кубани на север, либо просто мастеровой, получивший уличное прозвище по своему головному убору.