Фамилия Кубанкова — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Кубанков. Её ядро — прозвище или отчество Кубанок, образованное с помощью уменьшительного суффикса -ок. Такая модель типична для русских фамилий, возникших в XVI–XVII веках в среде крестьян и посадских людей: сначала человека звали Кубанок, а его детей — Кубанковы.

Самая прямая версия связывает основу с рекой Кубань или Кубанским регионом. Прозвище Кубанок могли дать выходцу с Кубани, переселенцу из тех мест. Однако географическая привязка не единственная. В русских говорах слово «кубан» имело и бытовые значения. Например, в вятских и пермских говорах кубаном называли глиняную миску, крынку или деревянную кадку для сыпучих тел. В этом случае прозвище Кубанок мог получить гончар, бондарь или просто человек с округлой, полной фигурой — по ассоциации с посудой.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским словом «кубан» (смуглый, темный) или с именем Кубан, которое встречалось у народов Северного Кавказа. Но для русской фамилии, особенно с суффиксом -ок, более типично бытовое или локальное происхождение.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Кубанков буквально значит «сын Кубана» или «из рода Кубанка». Фамилия не относится к числу аристократических, её носители — скорее всего, крестьяне или ремесленники из центральной России или Поволжья, где встречается топоним Кубань и где бытовали соответствующие говоры. Встретить Кубанковых можно в документах XIX века по Курской, Воронежской и Саратовской губерниям.