Фамилия Кубанков — редкий случай, когда корень говорит о происхождении владельца, а не о его ремесле или имени отца. Основа здесь — «кубан» или «кубанка», и это прямой топонимический указатель. Слово «кубанка» в старом русском языке означало жительницу Кубани, но мужская форма «кубанец» (житель Кубани) могла дать прозвище Кубан, от которого и пошла фамилия через стандартный суффикс принадлежности -ов. Такой суффикс обычно отвечает на вопрос «чей?»: чей сын? — Кубанков, то есть сын Кубана.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии был выходцем с Кубани или имел с этим регионом прочную связь. В XVI–XVII веках, когда русские фамилии только закреплялись, переселенцы с южных земель, особенно казаки, часто получали прозвища по месту прежнего жительства. Кубан — не река и не город, а историческая область, что делает фамилию более широкой по географии, чем, скажем, Краснодаров или Екатеринодаров.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: связь с тюркским словом «кубан» — в некоторых тюркских языках это «буйвол» или «бык». Но для русской фамилии такое объяснение слабее: суффикс -ов типичен для русских отчеств, а не для тюркских заимствований, которые чаще давали фамилии на -ин (Кубанин). Поэтому версия с переселенцем с Кубани — основная.

Встречаемость фамилии Кубанков невысока, но она стабильно фиксируется в южных и центральных регионах России, особенно в Ростовской области и Краснодарском крае. Это подкрепляет первую гипотезу: фамилия осталась в тех краях, откуда пошла, и не распылилась по стране. Сословно предки могли быть казаками или крестьянами-однодворцами, но точных данных об этом нет — фамилия не попала в дворянские родословные книги, что указывает на её простонародное происхождение.