Фамилия Кубаняев — редкая, и её корни стоит искать не в общерусских именах, а в тюркских языках. Основа фамилии — «Кубан» или «Кубаня». Скорее всего, это не географическое название (река Кубань), а личное имя или прозвище. В тюркских языках «кубан» может означать «смуглый», «темнокожий» или «смуглолицый». Такое прозвище давали человеку с тёмным цветом волос или кожи. Мягкий вариант «Кубаня» — уменьшительно-ласкательная форма этого прозвища, распространённая в бытовом общении.

Суффикс «-ев» указывает на русский способ образования фамилий от иноязычных основ. По модели «Кубаняев» фамилия строится так: к основе «Кубаня» прибавляется притяжательный суффикс «-ев», означающий «сын Кубани» или «принадлежащий Кубаня». Это типичная русская патронимическая модель для фамилий, оканчивающихся на мягкий согласный или «-я». Если бы основа звучала как «Кубан», фамилия была бы «Кубанов».

Географически фамилия Кубаняев встречается в основном в Поволжье и на Урале, особенно среди татар и башкир. Это подтверждает тюркское происхождение основы. В этих регионах прозвища, связанные с цветом кожи, были обычны: «Кара» (чёрный) или «Кубан» (смуглый). Предок Кубаняевых мог быть выходцем из татарской или башкирской среды, получившим прозвище за смуглую внешность, а затем обрусевшим и принявшим русскую фамильную форму.

Стоит отметить, что фамилия не связана с казачеством или Кубанью напрямую, хотя внешнее сходство может ввести в заблуждение. Казачьи фамилии на «-ев» от географических названий обычно образуются иначе (например, «Кубанцев»). Кубаняев же — пример того, как тюркское личное прозвище через уменьшительную форму вошло в русский ономастикон.