Фамилия Кубдикова — женская форма, исходная мужская — Кубдиков. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность. Такие фамилии обычно означают «сын такого-то» или «из семьи такого-то». В основе лежит прозвище или некалендарное имя Кубдик.

Что это за имя Кубдик? Скорее всего, уменьшительная форма от прозвища Кубда или Куба. Корень «куб-» в русских говорах многозначен. В одних диалектах «кубой» называли коротышку или толстяка (от «кубик» — нечто плотное и небольшое). В других — человека с крупной головой (сравните: «кубастый» — головастый). В южнорусских и украинских говорах «куб» могло означать шапку или колпак, а «кубда» — того, кто такую шапку носит. Есть и версия, что основа восходит к тюркскому «куба» — бледный, светлый, русый (прозвище по цвету волос). Суффикс -ик в имени Кубдик типичен для ласкательных или обиходных форм (как Иваник от Иван, Петрик от Пётр), но здесь он присоединён не к полному христианскому имени, а к прозвищу.

Географически фамилия редкая. Встречается в Поволжье и на Урале, что не противоречит диалектному происхождению корня. В документах XVII–XVIII веков на этих территориях фиксировались крестьяне и посадские люди с прозвищами Куба, Кубарь, Кубасов, — Кубдиков мог возникнуть в той же среде. Сословно: скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия, поскольку дворянские роды с такой основой не известны.

В написании фамилии обращает на себя внимание сочетание «бд» — оно редкое для русских фамилий и указывает на то, что исходное прозвище звучало именно как «Кубда», а не «Куба». Буква «д» могла появиться для благозвучия или как диалектный вставной звук (сравните: «кубда» вместо «куба» в некоторых говорах). Мужской вариант Кубдиков — ударение, скорее всего, на втором слоге: Кубдиков.