Фамилия Кубегенова женского рода, её мужская форма — Кубегенов. Она тюркского происхождения и указывает на родовую связь с предком, носившим имя Кубеген или Кубеген. В основе лежит сложное древнетюркское имя, которое можно разобрать на две части: «кубе» и «ген». «Кубе» в разных тюркских наречиях означает «множество», «толпа» или «стая», а в переносном смысле — «сила», «мощь». Вторая часть «ген» (или «кен») — это распространенный тюркский суффикс, который придает слову значение «подобный», «обладающий качеством». Таким образом, имя Кубеген можно истолковать как «подобный силе», «могучий», «богатырь» или «сильный, как целая стая». Это типичное для кочевых народов имя-пожелание: родители нарекали сына так, чтобы он вырос сильным и могучим.

Фамилия образована по русской патронимической модели с помощью суффикса -ов/-ев. В тюркской среде, особенно у казахов, каракалпаков и ногайцев, издавна бытовал обычай добавлять к имени предка русский фамильный суффикс при получении официальных документов в XIX — начале XX века. Поэтому Кубегенов — это буквально «сын Кубегена» или «потомок Кубегена». Аффикс женского рода -а указывает на то, что носительница — женщина.

Географически фамилия Кубегенова чаще всего встречается в Казахстане, особенно в западных и южных областях, а также среди каракалпаков в Узбекистане. В России она редка и сосредоточена преимущественно в Астраханской области и республиках Северного Кавказа, где исторически проживают ногайцы. Встречаются варианты написания: Кубегенов, Кубеген, Кубекенов, что связано с особенностями произношения в разных диалектах.

В отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ по профессии или внешности, Кубегенова ведет происхождение напрямую от личного имени с ярко выраженным героическим значением. Это говорит о том, что родоначальник, скорее всего, не был ремесленником или крестьянином, а принадлежал к воинской среде — степной аристократии или батырам. Сословная принадлежность конкретной ветви могла быть разной, но сама семантика имени выдает высокий статус предка в традиционном обществе.