Фамилия Кубелекова — женская форма мужской фамилии Кубелеков, и чтобы разобраться в её происхождении, нужно смотреть на мужской вариант. Сама фамилия довольно редкая и звучит не по-русски. Сразу бросается в глаза суффикс -ек- и окончание -ов: для русских фамилий характерны суффиксы -ов/-ев, но основа Кубелек- выглядит как заимствованная из тюркских языков.

Скорее всего, в основе лежит тюркское имя или прозвище Кубелек. В тюркских языках, особенно в казахском, башкирском, татарском, слово «күбәләк» (кубелек) означает «бабочка». Прозвище могли дать человеку лёгкому, подвижному, красивому или, наоборот, тому, кто любил ярко одеваться. Имя-прозвище Кубелек встречается в башкирской и казахской антропонимии, причём не как официальное имя, а как уличное или внутрисемейное.

Суффикс -ек в фамилии — это не русский уменьшительный суффикс (как в слове «кулёк»), а часть тюркской основы, которая при адаптации к русскому языку получила окончание -ов. Модель образования типична для регионов, где русские фамилии давали тюркскому населению: имя Кубелек + русский патронимический суффикс -ов даёт Кубелеков, то есть «сын Кубелека». Женская форма Кубелекова образована по тому же правилу.

Географически фамилия тяготеет к южному Уралу и Зауралью — Башкортостану, Оренбургской, Челябинской областям, а также к Казахстану. Встречается она и у башкир, и у казахов, и у татар, что лишний раз подтверждает её тюркское происхождение. Если предки носили эту фамилию, они, скорее всего, были скотоводами, земледельцами или воинами из тюркских родов, где прозвища по природным явлениям и животным были обычным делом.

Встречается также вариант написания Кубилякова или Кубелякова, но это уже следы местного произношения и записи фамилии в документах. Разные источники могут давать разное ударение: на второй или третий слог, но в самой фамилии ударение чаще падает на третий слог — Кубеле́кова, по аналогии с другими фамилиями на -еков.