Фамилия Кубылинский — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка первична, а вот с корнем слова начинается путаница. Суффикс -ский указывает на дворянскую или шляхетскую модель образования: так называли владельцев поместья или выходцев из определённого места. В польской и западнорусской традиции фамилии на -ский носили преимущественно шляхтичи, но со временем они распространились и среди крестьян, которые брали фамилию по названию деревни, откуда переселились.

Самая прямая версия — топонимическая. В Беларуси, на востоке Польши и в западных областях России есть несколько небольших поселений с корнем «Кубыл-» или «Кубел-»: деревни Кубылы, Кубылка, урочища Кубылин. Фамилию мог получить человек, переехавший из Кубылина или Кубылок. В этом случае исходное название деревни, скорее всего, связано с диалектным словом «кубыл» или «кубел» — так в некоторых славянских говорах называли кадушку, ушат, долблёную колоду для воды или кваса. Прозвище Кубыла мог получить бондарь или человек плотного, «кадкообразного» телосложения, а от прозвища уже пошло название хутора.

Вторая версия, менее очевидная, но возможная — от личного имени Кубыла. В древнерусских и литовских летописях встречается имя Кубыла как вариант крестильного имени или прозвища. Самое известное упоминание — боярин Андрей Кобыла, родоначальник Романовых, но здесь корень другой (кобыла — лошадь). Для Кубылы основа могла быть той же — от «кобыла» через западнорусское или польское произношение (с твёрдым «к» и редукцией гласных). В таком случае Кубылинский — это «сын Кубылы» или «человек из рода Кубылы».

Спор о происхождении упирается в то, что фамилия Кубылинский не фиксируется в старых боярских списках и реестрах шляхты. Она скорее поздняя, крестьянская или однодворческая, и образована от названия мелкого хутора. В современных базах фамилия встречается в основном в Беларуси (особенно в Гродненской и Минской областях) и на западе России (Смоленщина, Брянщина), что подтверждает её западнорусские корни. Ударение в фамилии обычно ставится на второй слог — Кубы́линский, хотя в польском варианте возможно ударение на третий: Кубыли́нский.