Фамилия Кубылин — одна из тех, что ставит исследователя перед выбором между двумя, на первый взгляд, далёкими друг от друга версиями. Причина — в основе «кубыл-», которая в русских говорах звучит по-разному.

Самый прямой путь — от слова «кубыла». В южнорусских и украинских диалектах так называли кобылу, лошадь. Фамилия тогда строится по той же модели, что и Жеребцов, Кобылин: прозвище Кубыла давали либо человеку, работавшему с лошадьми, либо — с оттенком иронии — рослому, неуклюжему или «рабочему» мужчине. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Кубылин, то есть сын или потомок Кубылы. Это типичная русская «посессивная» модель, одна из самых распространённых.

Однако есть и второй, более редкий вариант. В некоторых северных и сибирских говорах «кубыла» — это деревянная чашка, ковш, а иногда и неуклюжий, толстый предмет. Прозвище могли дать бондарю, резчику по дереву или просто человеку с округлой фигурой. Спор между версиями «лошадь» и «ковш» не решается без точного знания места, откуда пошёл род. Если предки были с юга или средней полосы — вероятнее первое. Если с Русского Севера — второе.

Фамилия встречается в основном в центральных областях России и в Поволжье. Она не относится к числу аристократических: её носители в XVI–XVII веках были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по уличному прозвищу. В документах XVIII–XIX веков Кубылины изредка попадаются среди однодворцев — особого сословия, сочетавшего черты крестьян и мелких землевладельцев.

Однокоренные фамилии — Кубылов, Кубышкин — подтверждают, что основа живая и порождала разные варианты прозвищ. В любом случае, фамилия Кубылин — это не книжное, а народное образование, напрямую связанное с бытом, ремеслом или характером предка.