Фамилия Кубылькин образована от прозвища Кубылька, а оно, в свою очередь, восходит к слову «кубыль» — так в старину называли колыбель. Если следовать этой версии, то прозвище могло закрепиться за человеком, который делал колыбели, то есть за мастером-мебельщиком или плотником. Модель образования типична для русских фамилий: сначала прозвище на -ка, затем фамилия на -ин, указывающая на принадлежность («чей?» — Кубылькин сын, то есть потомок Кубыльки).

Но это не единственная версия. В южнорусских и донских говорах известно слово «кубилёк» — верхняя одежда донских казачек, нечто вроде кафтана или распашного платья. В произношении «кубылька» и «кубилёк» могли смешиваться, и прозвище могло закрепиться за портным, скорняком или просто за казаком, носившим такую одежду. Эта версия интересна тем, что связывает фамилию с конкретным регионом и сословием — Доном и казачеством. География бытования фамилии Кубылькин (она встречается в Ростовской, Волгоградской областях и на юге России) косвенно подтверждает эту гипотезу.

Слово «кубыль» в русских говорах многозначно. В некоторых местах так называли не только колыбель, но и небольшой чан, кадку или даже улей. Поэтому прозвище Кубылька мог получить и бондарь, и пчеловод, и просто полный, округлый человек (по ассоциации с формой предмета). Однако первая версия — «колыбель» — считается основной, так как она зафиксирована в словарях народных говоров и даёт самую прямую связь с ремеслом.

Фамилия Кубылькин — нечастая, но устойчивая. Встречаются варианты написания с одной «л» (Кубыкин), но это уже другая фамилия, образованная от имени Куба (производное от Якуб). Наш случай — именно с суффиксом -к- и корнем, связанным с предметами быта.