Фамилия Кубылькин происходит от прозвища Кубылька, а её основа — слово «кубыль», которое в старину означало колыбель. Скорее всего, предок носителей этой фамилии занимался изготовлением колыбелей: такое ремесло было востребованным, и прозвище мастера легко закреплялось за его семьёй. Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду: Кубылькин буквально значит «сын Кубыльки» или «из семьи Кубыльки».

Однако есть и другая версия, связанная с донским говором. На Дону словом «кубилек» (или «кубылёк») называли верхнюю женскую одежду наподобие кафтана, которую носили казачки. Если прозвище образовалось от этого слова, то предок Кубылькиных мог быть казаком или портным, шившим такую одежду. Эта гипотеза менее распространена, но она добавляет фамилии региональный колорит и возможную связь с казачьим сословием.

Фамилия образована по типичной для русских фамилий модели: прозвище плюс притяжательный суффикс. Такая схема была особенно распространена в XVI–XVII веках, когда крестьянские и посадские семьи получали фамилии по имени или занятию главы дома. В отличие от дворянских фамилий на -ский, Кубылькин — пример «простой» фамилии, которая не указывает на владение землёй, а прямо говорит о ремесле или бытовой детали.

Точное место и время возникновения фамилии установить сложно: процесс закрепления фамилий шёл постепенно и в разных регионах по-своему. Но в основе Кубылькиных лежит живое прозвище, которое когда-то точно описывало человека — либо по его работе с деревом и младенцами, либо по одежде и укладу донской станицы.