Фамилия Кабылин — редкий случай, когда корень слова не сразу поддаётся расшифровке. На первый взгляд напрашивается связь с «кабылой» (самкой лошади, кобылой), но в русском языке такое образование было бы неестественным: от «кобыла» по правилам получилась бы фамилия Кобылин. Буква «а» в первом слоге указывает на другую, диалектную основу.

Вероятнее всего, фамилия происходит от прозвища Кабыла. В южнорусских и украинских говорах «кабыла» — это не лошадь, а либо деревянная колода для разгибания шкур (кожевенный инструмент), либо деталь ткацкого станка, либо даже грубая, неуклюжая женщина. Прозвище могли дать кожевнику, ткачу или человеку с тяжёлым характером. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Кабылы».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими корнями. В ряде тюркских языков «кабыл» означает «согласный, принятый» (от арабского «кабул»). Тогда фамилия могла быть адаптированным вариантом тюркского прозвища Кабыл, которое в русской среде обросло типичным суффиксом -ин. Однако эта гипотеза слабее: географически фамилия Кабылин чаще встречается в центральных и южных областях России, где сильнее славянская основа.

Интересная деталь: фамилия сохранила архаичное чередование «к»/«ч» (кабыла — Кабылин), которое в современном языке уже не работает. Если бы прозвище возникло в XIX веке, оно скорее превратилось бы в Кабылов. А вот суффикс -ин — верный признак, что фамилия образована от существительного женского рода (кабыла), а не мужского. Это сужает круг возможных исходных прозвищ: предка звали не «Кабыл», а именно «Кабыла».