Фамилия Кудабаева образована от древнетюркского составного имени Кудабай. Первая часть имени — «куда» — переводится как «кум, сват», то есть указывает на свойственника, человека, связанного с семьей через обряд сватовства. Вторая часть — «бай» — в тюркских языках означала «богатый хозяин, господин, могущественный человек». Таким образом, имя Кудабай можно понять как «богатый сват» или «знатный свойственник».

Скорее всего, такое имя давали не случайно: оно подчеркивало родственные связи предка, его положение в общине или обстоятельства, при которых он породнился с другим родом. В тюркской среде имена с компонентом «бай» были широко распространены и несли пожелание благополучия и высокого статуса.

Фамилия Кудабаева — женская форма от мужской Кудабаев. Патронимический суффикс -ев указывает на принадлежность к роду: буквально «из рода Кудабая». Такая модель образования типична для многих тюркских фамилий, которые русифицировались через добавление русских окончаний. Процесс закрепления фамилий у разных народов шел неравномерно, поэтому точно определить, когда именно и в какой местности оформился род Кудабаевых, можно только по архивным записям и генеалогическим разысканиям.