Фамилия Кудабаевы образована от тюркского имени Кудабай. В основе лежит слово «куда» («кум, сват», также «родственник по браку») и «бай» («богатый, господин, хозяин»). Таким образом, имя Кудабай означало «богатый сват» или «уважаемый родственник», подчёркивая высокий социальный статус или особую роль человека в свадебных обрядах.

Фамилия относится к распространённому типу древних восточных фамилий, занесённых в русскую среду выходцами из Золотой Орды, печенегами или половцами. Корни фамилии уходят в XV–XVII века, когда многие нерусские дворяне входили в состав российского дворянства, принося с собой свои родовые имена. Суффикс -ев указывает на русскую адаптацию: фамилия означает «принадлежащий Кудабаю», «из рода Кудабая».

Сведения о восточном происхождении фамилии подтверждаются прямым значением имени родоначальника. В отличие от многих фамилий, где исходное прозвище утрачено, здесь основа прозрачна и не вызывает споров. Редкость имени Кудабай в современных антропонимах делает фамилию Кудабаевы ценным памятником тюркской ономастики и истории межэтнических контактов.