Фамилия Кудайбердиевы (в исходной форме — Кудайбердиев) строится по типичной восточно-тюркской модели: к личному имени Кудайберди прибавили русский патронимический суффикс -ев. Это одна из тех фамилий, где основа — не прозвище и не профессия, а полноценное арабско-тюркское теофорное имя (содержащее имя Бога). Кудайберди дословно переводится с казахского и родственных тюркских языков как «Богом данный» (кудай — «Бог», берди — «дал»).

Таким именем в тюркской среде называли долгожданного или вымоленного у Всевышнего ребенка. В ономастике это частый сюжет: когда родители давали имя-благодарность или имя-просьбу, веря, что оно защитит младенца. Аналог в русской традиции — имя Богдан, тоже означающее «данный Богом», но Кудайберди старше по корням и пришло из кочевой культуры.

Фамилия Кудайбердиев — один из памятников давнего и сложного взаимодействия тюркских и славянских родов. Ее носители, скорее всего, потомки выходцев из Золотой Орды, ногайцев, печенегов или половцев, которые в XV–XVII веках оседали на русских землях и поступали на службу к московским князьям. Многие такие семьи входили в состав русского дворянства, сохранив при этом тюркское имя как родовое. Судя по суффиксу -ев, фамилия закрепилась именно в русской канцелярской традиции: когда в документах писали «Иван Кудайбердиев сын», а затем и просто «Кудайбердиев».

Встречается фамилия и в варианте Кудайбердиевы — это форма множественного числа, указывающая на целый род или семью. В современной России и Казахстане Кудайбердиевы — одна из тех фамилий, которые не требуют догадок о значении: имя предка говорит само за себя, указывая на глубокую религиозную и культурную традицию.