Фамилия Кудайнетова — редкий случай, когда основа не славянская, а тюркская, причём с явным религиозным оттенком. В её ядре лежит арабское слово «Кудай» — одна из форм имени Аллах в тюркских языках (от араб. «Куда» — «Бог»). Получается, что фамилия образована от личного имени Кудайнет, которое в переводе означает «дар Божий» или «божественный дар». Суффикс -ов (в женском роде -ова) — типично русский патронимический показатель, присоединённый к тюркскому корню. Такая модель встречается у народов Поволжья и Приуралья: татар, башкир, казахов, где исламские имена адаптировали под русскую фамильную систему после вхождения этих земель в состав Российской империи.

Географически фамилия Кудайнетова сегодня чаще всего фиксируется в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях. Это зона, где веками жили тюркские народы, и где в XVIII–XIX веках при переписях и ревизиях многим давали фамилии по отцу или деду. Основа Кудайнет могла быть именем первого известного предка — скорее всего, уважаемого человека, наречённого в честь божественного дара. Интересно, что в некоторых говорах имя Кудайнет могло звучать и как Кудайберды (буквально «Бог дал»), что делает фамилию Кудайнетова близкой к более распространённой Кудайбердиевой, но с сокращённой формой.

Словообразовательный нюанс: суффикс -ов здесь работает не как указание на принадлежность («чей?»), а как маркер русификации. В отличие от чисто русских фамилий, где -ов прибавляется к прозвищу или профессии, в тюркских фамилиях он просто оформляет имя в паспортный вид. Поэтому носительница фамилии Кудайнетова может с равной вероятностью иметь татарские, башкирские или казахские корни — точная этническая привязка зависит от региона.

Встречается и вариант написания с одной «т» — Кудайнетова, но это скорее ошибка при переписи, чем отдельная ветвь. Аналогов среди однокоренных фамилий много: Кудайбердиев, Кудайкулов, Кудайназаров — все они восходят к той же идее «божественного дара» или «раба Божьего». Так что Кудайнетова — не случайная фамилия, а прямой отпечаток исламской культуры, вписанной в русскую документальную традицию.